En un dels espais més emblemàtics del món, l’orgue del presbiteri és el primer dels diversos orgues que es necessiten per sonoritzar un espai tan gran com aquest.

Com a únic orgue, fa les funcions com l’acompanyament litúrgic, esdeveniments culturals i la sonorització de l’espai durant tot el dia gràcies a un sistema de reproducció automàtica que fa sonar l’orgue cada mitja hora amb les peces que el seu organista titular, Juan de la Rubia hagi programat.

Els seus 26 registres han d’omplir de música l’espai enorme, per aquesta raó la seva harmonització és de gran presència.

Es va dissenyar per poder suportar un entorn extremadament brut i amb molta pols a causa de les contínues obres al temple el que provoca que es dipositi molta brutícia tant a l’interior de l’instrument com dins els seus conductes, canals, secrets i tubs.
Tanmateix, aquest instrument aguanta perfectament aquesta anòmala situació per un orgue i un ús diari intensíssim.